launchファイルでバッチ実行

それは困りますね……env.propertiesを見ているつもりなのに別IPへ接続すると、設定の読み込み元を追うだけでも大変です。

まず疑うなら、Eclipseの Run Configurations に残っているVM引数・環境変数・クラスパスや、同名のenv.propertiesが別の場所から読み込まれていないかですね。Seasar2側で環境別の設定ファイルやdiconを切り替えている場合は、実際にどの環境設定が選ばれているかも確認ポイントです。

起動時にenv.propertiesの実パスとDB接続先をログに出すと、どこで食い違っているか絞りやすそうです。